VMP
Virtual Screening with Schrodinger
Schrödinger is a scientific leader in computational chemistry, providing software solutions and services for life sciences and materials research.
Schrödinger aims to provide integrated software solutions and services that truly meet its customers’ needs. We want to empower researchers around the world to achieve their goals of improving human health and quality of life through advanced computational techniques that transform the way chemists design compounds and materials.
By building and deploying breakthrough scientific software solutions and forming collaborations and partnerships, we help scientists accelerate their research and development activities, reduce costs, and make novel discoveries that might otherwise not be possible.
Schrodinger Release 2016-1 – New Features
Schrodinger Release 2016-2 – New Features
Schrodinger Release 2016-3 – New Features
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=4717787
Vienna Ab initio Simulation Package (VASP)
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5319869
Разработчик: The VASP team
Сайт разработчика: www.vasp.at
Описание: Vienna Ab initio Simulation Package (VASP) – это компьютерная программа для моделирования материалов на атомном уровне, например, вычислений электронной структуры и квантово-механической молекулярной динамики из первых принципов.
VASP вычисляет приближенное решение уравнения Шредингера для многих тел, или на уровне теории функционала плотности (DFT), решая уравнения Кона-Шема, или в приближении Хартри-Фока, решая уравнения Рутана. Гибридные функционалы, которые соединяют подход Хартри-Фока с теорией функционала плотности также включены. Более того, методы функций Грина (квазичастицы волн Гаусса и ACFDT-RPA) и теория возмущений для многих тел (2-й уровень теории Мёллера-Плесета) также доступны в VASP.
В VASP главные величины, такие как одноэлектронные орбитали, зарядовая плотность и локальный потенциал, выражаются в плосковолновых базисных наборах. Взаимодействия между электронами и ионами описываются с использованием нормальных или ультрамягких псевдопотенциалов или расширенного метода направленной волны.
Для определения основного электронного состояния VASP использует эффективные итеративные методы диагонализации матриц, такие как метод минимизации остатков с прямой инверсией итеративного подпространства (RMM-DIIS) или блочные алгоритмы Девидсона. Они соединены с высокоэффективными схемами смешивания плотности Бройдена и Пьюлая для ускорения самосогласованного цикла.
AIMAll Professional 10.05.04
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=2991350
Программа для расчета молекул по методу Р. Бейдера «Атомы в Молекулах». В качестве входных параметров может использовать файлы Gaussian 03 и 09, а так же функции заданных в формате *.wfn.
Gaussian 09 – популярная программа для расчетов, связанных с электронной структурой вещества. http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5376073
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=3291843 Gaussian 09W
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5376059 Source Code
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=2847435 GaussView 5
Spartan ’14 – EAT
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=4658347
Ultimate desktop application for chemistry research in industry and academia. A full range of theoretical models are available from the most intuitive user interface in the business. Enhanced, Refined, and Faster than ever. Also available in a Parallel Suite including the Spartan Molecular Database, the Spartan Spectra and Properties Database, Parallel Processing features and the ability to act as a Computational Server
Wavefunction offers an extensive line of molecular modeling software and publications for Chemists in research and education.
http://www.wavefun.com/products/products.html
Spartan’16 Parallel Suite for Windows
http://www.wavefun.com/products/windows/Spartan16_Parallel/win_spartan_parallel.html
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5382314
AMBER – это набор программ для применения силовых полей Assisted Model Building with Energy Refinement к моделированию биомолекул. Компиляторы C, Fortran; python, X.org, flex, libbz2
Shape-based methods in drug discovery with Paul Hawkins – March 26, 2013
Pharmacophore building using MOE
Pharmacophore modelling-Structure Based Drug Design tutorial
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5376501
Source Code Компиляторы Fortran, C BLAS/LAPACK
Описание: FHI-aims – это полноэлектронный, полнопотенциальный программный пакет электронной структуры для вычислений в области наук о материалах. Содержание и возможности:
– теория функционала плотности (LDA, GGA, mGGA) для изолированных молекул и периодических структур;
– предварительно сконструированные иерархические базисные наборы в периодической таблице (элементы 1 – 102): от быстрых качественных до meV-конвергентной точности;
– Хартри-Фок и гибридные функционалы плотности: протестировано до 1.000 атомов в линейном масштабировании (B3LYP, PBE0/PBEh, HSE);
– пространственно-разделенные гибридные функционалы, скорректированные на дальний порядок (lc_wPBEh);
– подходы к Ван-дер-Ваальсовым взаимодействиям (Ткаченко-Шефлер, vdW-DF, дисперсия многих тел (MBD));
– методы возмущения для многих тел (на настоящий момент в непериодическом случае, для геометрий в одной точке): MP2, RPA, G0W0, SCGW, энергии GW+SOSEX, …
– оптимизация структуры, молекулярная динамика от первых принципов, инфраструктура для вибраций и фононов, …
– молекулярный транспорт; – высокая масштабируемость.
MathType 6.9b http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5147800
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=4388249
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5381846
ChemDoodle – это мощный инструмент для химической графики. Поддерживает графику высокого качества, утилиты для спектров, реакций; может читать большинство типов химических файлов. Также возможно построение химических установок и моделей биологических процессов.
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5381854 ChemDoodle 3D – это платформа для визуализации химической графики. Как и ее 2D аналог легко настраивается и контролируется. Большой набор интуитивно понятных функций, поддержка большинства видеокарт.
http://maintracker.org/forum/viewforum.php?f=1063
Программный пакет WIEN2k позволяет выполнять электронные структурные расчеты твердых тел с использованием теории функционала плотности (DFT). Он основан на полнопотенциальной (линеаризованной) дополненной плоской волне ((L)APW)+ и методе локальных орбиталей (lo), одной из наиболее точных схем расчета зонной структуры. WIEN2k – это полноэлектронная схема, включающая релятивистские эффекты и обладающая многими функциями.
WIEN2k 14.2 Source Code Fortran, C BLAS/LAPACK
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5375689
Mnova – это новейший пакет для обработки, визуализации, симуляции, предсказания, представления и анализа данных ядерного магнитного резонанса и ВЭЖХ/ГХ/МС.
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5320898
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5382216
Molecular Operating Environment – это программная платформа для исследования лекарств, которая объединяет в одном пакете визуализацию, моделирование и симуляцию, а также разработку методологии. Научные приложения MOE используются биологами, химиками и биохимиками в фармакологических, биотехнологических и теоретических исследованиях. MOE работает в средах MS Windows, MAC OS X и GNU/Linux. Главными областями применения являются структурный дизайн, дизайн фрагментов, исследование фармакофоров, приложений медицинской химии и биологии, моделирование антител и белков, молекулярное моделирование и симуляции, химинформатика и QSAR.
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5376493 Компиляторы Fortran, C Source Code
Описание: Molpro – это программный пакет для точных квантово-химических расчетов от первых принципов. Акцент в этой программе сделан на высокой точности и расширенной обработке проблемы электронной корреляции через мультиреференсное взаимодействие конфигураций, связанные кластеры и близкие методы. Прямое интегрирование в методах локальной электронной корреляции уменьшает вычислительную стоимость, растущую с увеличением молекул. Точные расчеты от первых принципов могут быть осуществлены и для крупных молекул. С помощью новых точных корреляционных методов предельный базисный набор может быть очень близко подобран.
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=3611409
Программа для конечно-элементных расчётов сложных научно-технических задач. Пакет COMSOL Multiphysics позволяет моделировать практически все физические процессы, которые описываются частными дифференциальными уравнениями. Программа содержит различные решатели, которые помогут быстро справиться даже с самыми сложными задачами, а простая структура приложения обеспечивает простоту и гибкость использования. Решение любой задачи базируется на численном решении уравнений в частных производных методом конечных элементов. Спектр задач, которые поддаются моделированию в программе чрезвычайно широк.
Набор специальных модулей в программе охватывает практически все сферы приложений уравнений в частных производных.
COMSOL Multiphysics (Femlab) – пакет моделирования, который решает системы нелинейных дифференциальных уравнений в частных производных методом конечных элементов в одном, двух и трех измерениях. Он позволяет решать задачи из области электромагнетизма, теории упругости, динамики жидкостей и газов и химической газодинамики. Femlab также дает возможность решить задачу как в математической постановке ( в виде системы уравнений), так и в физической (выбор физической модели, например модели процесса диффузии). Безусловно в любом случае будет решаться система уравнений, и различие заключается лишь в возможности использовать физические системы единиц и физическую терминологию. В так называемом физическом режиме работы также можно использовать заранее определенные уравнения для большинства явлений, имеющих место в науке и технике, таких как перенос тепла и электричества, теория упругости, диффузия, распространение волн и поток жидкости.
Magma Computational Algebra System 2.18.5 for Linux i386/intel/AMD 2012
http://maintracker.org/forum/viewtopic.php?t=5320432